本系统首先通过分离器或沉淀池将固体厩肥与液体厩肥分离，其中，固体厩肥作为有机肥还田或作为食用菌(如蘑菇等)培养基，液体厩肥进入沼气厌氧发酵池。通过微生物?植物?动物?菌藻的多层生态净化系统，使污水得到净化。净化的水达到国家排放标准，可排放到江河，回归自然或直接回收利用进行冲刷牛舍等。
　　此外，牛场的排污物还可通过干燥处理、粪便饲料化应用以及营养调控等措施进行控制。
　　总之，随着养牛业生产的发展，牛场污染问题应给予高度重视，解决牛场污染问题的措施，应因地制宜，实事求是，根据当地具体情况，选择治理措施。