牛乳在健康的乳房中时就已有某些细菌存在，加上在挤乳和处理过程中外畀微生物不断侵入，因此乳中微生物的种类很多。
     ㈠ 细菌
    牛乳中的细菌，在室沮或室温以上温度大量增殖，根据其对牛乳所产生的变化可分为以下几种：
    ⒈ 产酸菌
    主要为乳酸苗，指能分解乳糖产生乳酸的细菌．在乳和乳制品中主要有乳球菌辞和乳杆菌科，包括链球菌属、明串珠菌属和乳杆菌属。
  ⒉  产气菌
    这类菌在牛乳中生长时能生成酸和气体。例如大肠杆菌和产气杆菌是常出现于牛乳中的产气菌．产气杆菌能在低温下增殖，是低温储藏时能使牛乳酸败的一种重要菌种．另外，可从牛乳和干酪中分离得到费氏丙酸杆菌和谢氏丙酸杆菌．生长温度范围为15～40℃．用丙酸菌生产干酪时，可使产品具有气孔和特有的风味．
    ⒊ 肠道杆菌
    肠道杆菌是一群寄生在肠道的革兰氏阴性短杆菌。在乳品生产中是评定乳制品污染程度的指标之一。其中主要有大肠菌群和沙门氏菌族。
    ⒋ 芽抱杆菌
    该菌因能形成耐热性芽孢，故杀菌处理后，仍残存在乳中．可分为好气性杆菌属和嫌气性梭状菌属两种。
⒌  球菌类
    一般为好气性，能产生色素。牛乳中常出现的有微球菌属和葡萄球菌属。
   ⒍ 低温菌  
    7℃以下能生长繁殖的细菌称为低温菌；在20℃以下能繁殖的称为嗜冷菌。乳品中常见的低温菌属有假单胞菌属和醋酸杆菌属，这些菌在低温下生长良好，能使乳中蛋白质分解引起牛乳胨化，并分解脂肪使牛乳产生哈喇味，引起乳制品腐败变质。
   ⒎  高温菌和耐热性细菌
    高温菌或嗜热性细菌是指在40℃以上能正常发育的菌群。如乳酸菌中的嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌、好气性芽孢菌(如嗜热脂肪芽孢杆菌)和放线菌(如干酪链霉菌)等．特别是嗜热脂肪芽孢杆菌，最适发育温度为60～70℃。 耐热性细菌在生产上系指低温杀菌条件下还能生存的细菌(135℃，数秒)，上述细菌及其芽孢都能被杀死。
   ⒏ 蛋白分解菌和脂肪分解菌
    (1)蛋白分解菌  蛋白分解菌是指能产生蛋白酶而将蛋白质分解的菌群．生产发酵乳制品时的大部分乳酸菌能使乳中蛋白质分解，属于有用菌。也有属于腐败性的蛋白分解菌，能使蛋白质分解出氨和胺类，可使牛乳产生黏性、碱性、胨化。
    (2)脂肪分解菌  脂肪分解菌系指能使甘油酸醣分解生成甘油和脂肪酸的菌群。脂肪分解菌中，除一部分在干酪生产方面有用外，一般都是使牛乳和乳制品变质的细菌，尤其对稀奶油和奶油危害更大。主要的脂肪分解菌(包括酵母、霉菌)有：荧光极毛杆菌、蛇蛋果假单胞菌、无色解脂菌、解脂小球菌、干酪乳杆菌、白地霉、黑曲霉、大毛霉等。大多数解脂酶有耐热性，并且在0℃以下也具活力。因此，牛乳中如有脂肪分解菌存在，即使进行冷却或加热杀菌，也往往带有意想不到的脂肪分解味。 
   ⒐  放线菌
    与乳品方面有关的有分枝杆菌属、放线菌属、链霉菌属。分枝杆菌屑以嫌酸菌而闻名，是抗酸性的杆菌，无运动性，多数具有病原性。例如结校分枝杆菌形成的毒素，有耐热性，对人体有害。放线菌属中与乳品有关的主要有牛型放线菌，此菌生长在牛的口腔和乳房，随后转入牛乳中。链霉菌属中与乳品有关的主要是干酪链霉菌，属胨化菌，能使蛋白质分解导致腐败变质。